載氣系統主要的維護工作就是檢漏，可采用氣相色譜儀廠家提供的檢漏液或者自行配制肥皂水振搖起泡，涂抹在管路連接或閥等有縫隙的地方察看。卸下高壓、低壓表頭檢定過的國產減壓閥大部分用不了多長時間就會發生泄漏。檢漏工作應定期作，周期示實際情況而定。每次更換氣瓶、減壓閥等也需要檢漏。

需要注意的是，不要將載氣管路長時間放空，應采用堵頭堵住兩端，盡量避免空氣進入載氣管路。在質譜應用中，如果拆卸過載氣管路，可看到水峰（18）和氮氣峰（28）等長時間下不來，此時可稍微擰松氣相色譜儀入口管路螺帽，開載氣吹半個小時或更長時間。

凈化器在載氣系統中作用很大，可以幫助去除氣體源中污染設備和影響分析結果的水分、烴類、氧氣等等雜質。凈化管有很多種選擇，主要有氧氣凈化管、水分凈化管、烴類凈化管、綜合凈化管等等。除了部分水分及烴類凈化管可以再生處理以外，一般均為一次性使用，壽命示實際情況而定。可再生類凈化管一般有顯色指示，根據指示確定是否需要再生處理，再生處理步驟為取出吸附劑，烘箱中加熱烘烤，后干燥冷卻后重新填裝連接管路。